Το Μουσείο βρίσκεται στο κτήριο του Πολιτιστικού Κέντρου του Δήμου Λευκάδας. Ξεκίνησε τη λειτουργία του σε αυτό τον χώρο το 1999. Αποτελείται από τέσσερις διακριτές αίθουσες που φιλοξενούν ευρήματα από την Παλαιολιθική εποχή έως και τους ύστερους ρωμαϊκούς χρόνους. Στην αίθουσα Α εκτίθενται ευρήματα από τον δημόσιο και ιδιωτικό βίο των κατοίκων του νησιού στους ιστορικούς χρόνους. Η αίθουσα Β είναι αφιερωμένη στις θεότητες της αρχαίας Λευκάδας. Η αίθουσα Γ είναι αφιερωμένη στα ταφικά έθιμα και φιλοξενεί επιτύμβιες στήλες, λίθινες τεφροδόχους, κάλπες και διάφορα κτερίσματα, ενώ η αίθουσα Δ είναι αφιερωμένη στον μεγάλο φιλέλληνα αρχαιολόγο Ντέρπφελντ και φιλοξενεί αρχαιότητες των προϊστορικών χρόνων.
